Vectorial_bond_valence法
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**Vectorial bond valence法-revisited (2016/01/09) (以前あ...
#contents
----
bond valence法の発展としてvectorial bond valence法とい...
VBV法では,1つの結合を考えると、この結合方向を向いたベ...
**Vectorial bond valence法の計算 - プログラム作成 [#q03c3...
最近、VB和およびVBV和の計算プログラムを自作した(bvsum)...
まずforsterite(olivine構造)から。Mg,Si,Oの非等価な席が...
Mg2SiO4 forsterite
pair distance bond valence
Mg 5 - O 13 2.1764 0.2772
Mg 5 - O 17 2.0456 0.3724
Mg 5 - O 21 2.2102 0.2568
Mg 5 - O 23 2.0656 0.356
Mg 5 - O 26 2.2102 0.2568
Mg 5 - O 28 2.0656 0.356
Bond valence sum 1.8751
Vectorial BV sum |vsum| 0.0295
Vectorial BV components -0.027 -0.012 0.0
pair distance bond valence
Si 9 - O 13 1.6135 1.0274
Si 9 - O 20 1.6542 0.9253
Si 9 - O 21 1.6372 0.9666
Si 9 - O 26 1.6372 0.9666
Bond valence sum 3.886
Vectorial BV sum |vsum| 0.204
Vectorial BV components 0.2028 0.0214 0.0
pair distance bond valence
O 13 - Mg 1 2.0841 0.3414
O 13 - Mg 3 2.0841 0.3414
O 13 - Mg 5 2.1764 0.2772
O 13 - Si 9 1.6135 1.0274
Bond valence sum 1.9874
Vectorial BV sum |vsum| 0.5283
Vectorial BV components 0.526 0.0491 0.0
pair distance bond valence
O 17 - Mg 2 2.0677 0.3542
O 17 - Mg 4 2.0677 0.3542
O 17 - Mg 5 2.0456 0.3724
O 17 - Si 12 1.6542 0.9253
Bond valence sum 2.0061
Vectorial BV sum |vsum| 0.7208
Vectorial BV components 0.1393 -0.7072 0.0
pair distance bond valence
O 21 - Mg 1 2.131 0.3071
O 21 - Mg 5 2.2102 0.2568
O 21 - Mg 7 2.0656 0.356
O 21 - Si 9 1.6372 0.9666
Bond valence sum 1.8865
Vectorial BV sum |vsum| 0.7675
Vectorial BV components -0.2457 0.4154 -0.5967
次はMg2SiO4の変形スピネル相(=wadsleyite)。Mg,Si,Oの...
beta-Mg2SiO4
pair distance bond valence
Mg 1 - O 33 2.1151 0.3183
Mg 1 - O 34 2.1151 0.3183
Mg 1 - O 41 2.0463 0.3718
Mg 1 - O 42 2.0463 0.3718
Mg 1 - O 47 2.0463 0.3718
Mg 1 - O 48 2.0463 0.3718
Bond valence sum 2.1237
Vectorial BV sum |vsum| 0.0
Vectorial BV components -0.0 -0.0 -0.0
pair distance bond valence
Mg 5 - O 25 2.0353 0.3812
Mg 5 - O 29 2.0947 0.3333
Mg 5 - O 41 2.0932 0.3345
Mg 5 - O 43 2.0932 0.3345
Mg 5 - O 46 2.0932 0.3345
Mg 5 - O 48 2.0932 0.3345
Bond valence sum 2.0524
Vectorial BV sum |vsum| 0.1661
Vectorial BV components 0.0 0.0 -0.1661
pair distance bond valence
Mg 9 - O 25 2.0163 0.3978
Mg 9 - O 28 2.0163 0.3978
Mg 9 - O 33 2.1234 0.3124
Mg 9 - O 40 2.1234 0.3124
Mg 9 - O 41 2.1279 0.3093
Mg 9 - O 53 2.1279 0.3093
Bond valence sum 2.0391
Vectorial BV sum |vsum| 0.0724
Vectorial BV components 0.0 -0.0724 0.0
pair distance bond valence
Si 17 - O 29 1.7012 0.82
Si 17 - O 34 1.6382 0.9641
Si 17 - O 52 1.6317 0.9805
Si 17 - O 53 1.6317 0.9805
Bond valence sum 3.745
Vectorial BV sum |vsum| 0.0709
Vectorial BV components -0.0 -0.0158 0.0691
pair distance bond valence
O 25 - Mg 5 2.0353 0.3812
O 25 - Mg 9 2.0163 0.3978
O 25 - Mg 11 2.0163 0.3978
O 25 - Mg 14 2.0163 0.3978
O 25 - Mg 16 2.0163 0.3978
Bond valence sum 1.9726
Vectorial BV sum |vsum| 0.1635
Vectorial BV components 0.0 0.0 0.1635
pair distance bond valence
O 29 - Mg 5 2.0947 0.3333
O 29 - Si 17 1.7012 0.82
O 29 - Si 19 1.7012 0.82
Bond valence sum 1.9733
Vectorial BV sum |vsum| 0.4595
Vectorial BV components 0.0 0.0 0.4595
pair distance bond valence
O 33 - Mg 1 2.1151 0.3183
O 33 - Mg 9 2.1234 0.3124
O 33 - Mg 16 2.1234 0.3124
O 33 - Si 18 1.6382 0.9641
Bond valence sum 1.9073
Vectorial BV sum |vsum| 0.3865
Vectorial BV components 0.0 0.2588 -0.2871
pair distance bond valence
O 41 - Mg 1 2.0463 0.3718
O 41 - Mg 5 2.0932 0.3345
O 41 - Mg 9 2.1279 0.3093
O 41 - Si 24 1.6317 0.9805
Bond valence sum 1.996
Vectorial BV sum |vsum| 0.3915
Vectorial BV components -0.2983 0.0316 0.2516
最後はMg2SiO4のスピネル相(ringwoodite)。Mg,Si,Oの非等...
gamma-Mg2SiO4 (spinel structure)
pair distance bond valence
Mg 1 - O 40 2.0933 0.3343
Mg 1 - O 44 2.0933 0.3343
Mg 1 - O 45 2.0933 0.3343
Mg 1 - O 48 2.0933 0.3343
Mg 1 - O 50 2.0933 0.3343
Mg 1 - O 53 2.0933 0.3343
Bond valence sum 2.0061
Vectorial BV sum |vsum| 0.0
Vectorial BV components 0.0 0.0 -0.0
pair distance bond valence
Si 17 - O 30 1.6178 1.016
Si 17 - O 42 1.6178 1.016
Si 17 - O 46 1.6178 1.016
Si 17 - O 52 1.6178 1.016
Bond valence sum 4.0642
Vectorial BV sum |vsum| 0.0
Vectorial BV components -0.0 -0.0 -0.0
pair distance bond valence
O 25 - Mg 9 2.0933 0.3343
O 25 - Mg 12 2.0933 0.3343
O 25 - Mg 14 2.0933 0.3343
O 25 - Si 22 1.6178 1.016
Bond valence sum 2.0191
Vectorial BV sum |vsum| 0.3966
Vectorial BV components 0.229 0.229 0.229
**Vectorial bond valence法の応用 - 水素位置の推定 [#m53aa...
Bickmoreらの論文を読んで,すぐ思いついたのは水素位置の...
上記のように実際に自分で計算してみたら、多くの鉱物(酸...
しかし、得られた結果をよく眺めてみると,水素を除くVBVベ...
#image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/phaseA_VBVdem...
**水素位置:その他の例 [#gb575c8d]
Inorganic ChemistryのASAPを見ていたら,高圧合成Ga2B3O7(...
別の例:H2Ti3O7構造(https://doi.org/10.1021/ic401144k)...
**まとめ [#cfe5f7c0]
この方法は,水素位置がわからない時の初期構造モデルやシ...
なお,酸素の周りに数種の水素席があり,確率的に占有して...
この計算は極めて単純である。格子内の個々の原子周りのBV...
使っているプログラムは最初Pythonで作り,Swiftへも移植し...
最新版はcifに対応しているが、pythonのみ。
あまりに単純なので、同じことを考える人がいそうだし、論...
**References [#l817a74f]
-M.A. Harvey, S. Baggio and R. Baggio, A new simplfying a...
-B.R. Bickmore et al., Electronic structure effects in th...
-I.D. Brown, A step closer to predicting the bonding geom...
-Gagne and Hawthorne, Acta Cryst. B71, 562, 2015. 最新のb...
なおBond valenceパラメータは元論文を見てもいいのですが...
終了行:
**Vectorial bond valence法-revisited (2016/01/09) (以前あ...
#contents
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bond valence法の発展としてvectorial bond valence法とい...
VBV法では,1つの結合を考えると、この結合方向を向いたベ...
**Vectorial bond valence法の計算 - プログラム作成 [#q03c3...
最近、VB和およびVBV和の計算プログラムを自作した(bvsum)...
まずforsterite(olivine構造)から。Mg,Si,Oの非等価な席が...
Mg2SiO4 forsterite
pair distance bond valence
Mg 5 - O 13 2.1764 0.2772
Mg 5 - O 17 2.0456 0.3724
Mg 5 - O 21 2.2102 0.2568
Mg 5 - O 23 2.0656 0.356
Mg 5 - O 26 2.2102 0.2568
Mg 5 - O 28 2.0656 0.356
Bond valence sum 1.8751
Vectorial BV sum |vsum| 0.0295
Vectorial BV components -0.027 -0.012 0.0
pair distance bond valence
Si 9 - O 13 1.6135 1.0274
Si 9 - O 20 1.6542 0.9253
Si 9 - O 21 1.6372 0.9666
Si 9 - O 26 1.6372 0.9666
Bond valence sum 3.886
Vectorial BV sum |vsum| 0.204
Vectorial BV components 0.2028 0.0214 0.0
pair distance bond valence
O 13 - Mg 1 2.0841 0.3414
O 13 - Mg 3 2.0841 0.3414
O 13 - Mg 5 2.1764 0.2772
O 13 - Si 9 1.6135 1.0274
Bond valence sum 1.9874
Vectorial BV sum |vsum| 0.5283
Vectorial BV components 0.526 0.0491 0.0
pair distance bond valence
O 17 - Mg 2 2.0677 0.3542
O 17 - Mg 4 2.0677 0.3542
O 17 - Mg 5 2.0456 0.3724
O 17 - Si 12 1.6542 0.9253
Bond valence sum 2.0061
Vectorial BV sum |vsum| 0.7208
Vectorial BV components 0.1393 -0.7072 0.0
pair distance bond valence
O 21 - Mg 1 2.131 0.3071
O 21 - Mg 5 2.2102 0.2568
O 21 - Mg 7 2.0656 0.356
O 21 - Si 9 1.6372 0.9666
Bond valence sum 1.8865
Vectorial BV sum |vsum| 0.7675
Vectorial BV components -0.2457 0.4154 -0.5967
次はMg2SiO4の変形スピネル相(=wadsleyite)。Mg,Si,Oの...
beta-Mg2SiO4
pair distance bond valence
Mg 1 - O 33 2.1151 0.3183
Mg 1 - O 34 2.1151 0.3183
Mg 1 - O 41 2.0463 0.3718
Mg 1 - O 42 2.0463 0.3718
Mg 1 - O 47 2.0463 0.3718
Mg 1 - O 48 2.0463 0.3718
Bond valence sum 2.1237
Vectorial BV sum |vsum| 0.0
Vectorial BV components -0.0 -0.0 -0.0
pair distance bond valence
Mg 5 - O 25 2.0353 0.3812
Mg 5 - O 29 2.0947 0.3333
Mg 5 - O 41 2.0932 0.3345
Mg 5 - O 43 2.0932 0.3345
Mg 5 - O 46 2.0932 0.3345
Mg 5 - O 48 2.0932 0.3345
Bond valence sum 2.0524
Vectorial BV sum |vsum| 0.1661
Vectorial BV components 0.0 0.0 -0.1661
pair distance bond valence
Mg 9 - O 25 2.0163 0.3978
Mg 9 - O 28 2.0163 0.3978
Mg 9 - O 33 2.1234 0.3124
Mg 9 - O 40 2.1234 0.3124
Mg 9 - O 41 2.1279 0.3093
Mg 9 - O 53 2.1279 0.3093
Bond valence sum 2.0391
Vectorial BV sum |vsum| 0.0724
Vectorial BV components 0.0 -0.0724 0.0
pair distance bond valence
Si 17 - O 29 1.7012 0.82
Si 17 - O 34 1.6382 0.9641
Si 17 - O 52 1.6317 0.9805
Si 17 - O 53 1.6317 0.9805
Bond valence sum 3.745
Vectorial BV sum |vsum| 0.0709
Vectorial BV components -0.0 -0.0158 0.0691
pair distance bond valence
O 25 - Mg 5 2.0353 0.3812
O 25 - Mg 9 2.0163 0.3978
O 25 - Mg 11 2.0163 0.3978
O 25 - Mg 14 2.0163 0.3978
O 25 - Mg 16 2.0163 0.3978
Bond valence sum 1.9726
Vectorial BV sum |vsum| 0.1635
Vectorial BV components 0.0 0.0 0.1635
pair distance bond valence
O 29 - Mg 5 2.0947 0.3333
O 29 - Si 17 1.7012 0.82
O 29 - Si 19 1.7012 0.82
Bond valence sum 1.9733
Vectorial BV sum |vsum| 0.4595
Vectorial BV components 0.0 0.0 0.4595
pair distance bond valence
O 33 - Mg 1 2.1151 0.3183
O 33 - Mg 9 2.1234 0.3124
O 33 - Mg 16 2.1234 0.3124
O 33 - Si 18 1.6382 0.9641
Bond valence sum 1.9073
Vectorial BV sum |vsum| 0.3865
Vectorial BV components 0.0 0.2588 -0.2871
pair distance bond valence
O 41 - Mg 1 2.0463 0.3718
O 41 - Mg 5 2.0932 0.3345
O 41 - Mg 9 2.1279 0.3093
O 41 - Si 24 1.6317 0.9805
Bond valence sum 1.996
Vectorial BV sum |vsum| 0.3915
Vectorial BV components -0.2983 0.0316 0.2516
最後はMg2SiO4のスピネル相(ringwoodite)。Mg,Si,Oの非等...
gamma-Mg2SiO4 (spinel structure)
pair distance bond valence
Mg 1 - O 40 2.0933 0.3343
Mg 1 - O 44 2.0933 0.3343
Mg 1 - O 45 2.0933 0.3343
Mg 1 - O 48 2.0933 0.3343
Mg 1 - O 50 2.0933 0.3343
Mg 1 - O 53 2.0933 0.3343
Bond valence sum 2.0061
Vectorial BV sum |vsum| 0.0
Vectorial BV components 0.0 0.0 -0.0
pair distance bond valence
Si 17 - O 30 1.6178 1.016
Si 17 - O 42 1.6178 1.016
Si 17 - O 46 1.6178 1.016
Si 17 - O 52 1.6178 1.016
Bond valence sum 4.0642
Vectorial BV sum |vsum| 0.0
Vectorial BV components -0.0 -0.0 -0.0
pair distance bond valence
O 25 - Mg 9 2.0933 0.3343
O 25 - Mg 12 2.0933 0.3343
O 25 - Mg 14 2.0933 0.3343
O 25 - Si 22 1.6178 1.016
Bond valence sum 2.0191
Vectorial BV sum |vsum| 0.3966
Vectorial BV components 0.229 0.229 0.229
**Vectorial bond valence法の応用 - 水素位置の推定 [#m53aa...
Bickmoreらの論文を読んで,すぐ思いついたのは水素位置の...
上記のように実際に自分で計算してみたら、多くの鉱物(酸...
しかし、得られた結果をよく眺めてみると,水素を除くVBVベ...
#image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/phaseA_VBVdem...
**水素位置:その他の例 [#gb575c8d]
Inorganic ChemistryのASAPを見ていたら,高圧合成Ga2B3O7(...
別の例:H2Ti3O7構造(https://doi.org/10.1021/ic401144k)...
**まとめ [#cfe5f7c0]
この方法は,水素位置がわからない時の初期構造モデルやシ...
なお,酸素の周りに数種の水素席があり,確率的に占有して...
この計算は極めて単純である。格子内の個々の原子周りのBV...
使っているプログラムは最初Pythonで作り,Swiftへも移植し...
最新版はcifに対応しているが、pythonのみ。
あまりに単純なので、同じことを考える人がいそうだし、論...
**References [#l817a74f]
-M.A. Harvey, S. Baggio and R. Baggio, A new simplfying a...
-B.R. Bickmore et al., Electronic structure effects in th...
-I.D. Brown, A step closer to predicting the bonding geom...
-Gagne and Hawthorne, Acta Cryst. B71, 562, 2015. 最新のb...
なおBond valenceパラメータは元論文を見てもいいのですが...
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