Superflip_plus_Fox
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開始行:
*FoxとSuperflipを使った粉末X線構造解析の手順 [#sa024d87]
-20220820: FOX2022にupdateされました。これならMacで問題な...
-2014 2/19: fox2sflip.pyを少し改良して、EDMA用の入力ファ...
charge flipping法(Oszlanyi & Suto, 2004)は比較的最近に...
新たにSuperflipを評価する必要があったので、粉末データを...
**charge flipping法の原理と粉末回折への応用 [#v906323b]
charge flipping法では、最初ランダムな位相と測定強度から...
粉末回折パターンではピークの重なりが不可避なため、重な...
**使用するデータ [#w1e5ad16]
今回は例としてforsterite (Mg2SiO4)の粉末X線回折データを...
**Foxによる強度データの抽出 [#ab4a98e0]
ここからはFoxを使ったピーク強度の抽出である。Foxは直接...
まずFoxを起動したら、ObjectsメニューからNew Crystal, Ne...
**Superflip用入力データの作成 [#id990818]
Foxでセーブしたデータはgzipで圧縮されている。ダブルクリ...
histogram matching法を使う場合には近接したピークをグル...
これを手動で変換するのは面倒なので、この変換も含めて、S...
% ./fox2sflip.py forsterite.xml 0.05
これでできるforsterite.inflipファイルはまだ完全ではないが...
Foxの空間群探索では非標準な空間群を含めて候補として示さ...
**Superflipの実行 [#uac0418b]
入力ファイルが出来たら、Superflipを実行するが、ターミナ...
% ./superflip forsterite.inflip
で計算を実行させることができる。ここでよくあるトラブルはh...
#image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/forsterite-ma...
**電子密度の解析 [#pc9ec6d8]
EDMAプログラムはSuperflipで得られた電子密度を解析して、...
% EDMA forsterite.edma
で実行する。cifファイルが作られるので、それをVestaで読む...
Vestaでも電子密度ピークの位置などを求めることができる。...
**その他のデータ [#ea39e103]
Foxで以前解析した自前データ等を10個くらい試してみた。...
#image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/AlPO4-mog-sup...
**結果がよくない場合の対応 [#w322a794]
試してみる価値のある調整は、2thetaの範囲(Fox上で), fwhm...
-もし重い原子だけ見えているなら、それらの原子座標をVesta...
全く見込みがない場合は、Foxで実空間探索法の計算を行う、...
**空間群が不明な場合 [#xb8dc7d3]
Foxの空間群探索では正解がRwpトップ3位以内に来ているこ...
空間群が不明な場合、ありそうな空間群をテストする。この...
charge flipping法は空間群を知らずに(P1で)解析できると論...
Superflipで得られた電子密度から空間群をチェックしたい場...
**構造の精密化 [#e701e3e8]
上記のように正しそうな初期構造を得たら、EDMAを実行してc...
**作業をshell scriptで制御 [#e3a3bda8]
一連の作業を行う時にはshell scriptでプログラムを逐次動...
#!/bin/bash
base1="./"
# directory for programs, change for your system
base2="./"
# directory for data files, change for your system
flip="superflip"
edma="EDMA"
f2sf="fox2sflip.py"
file=$1
open -a "fox"
echo -n "Input file name> "
read file
echo -n "Input fwhm (default=0.1) > "
read fwhm
gunzip $base2${file}.xml.gz
$base1$f2sf $base2${file}.xml $fwhm
echo -n "To edit inflip file, hit return key! > "
read x
open -a "Jedit X" $base2$file.inflip
echo -n "To start Superflip, hit return key! > "
read x
$base1$flip $base2${file}.inflip
echo -n "To view xplor file by VESTA, hit return key! > "
read x
open -a "VESTA" $base2${file}.xplor
echo -n "To edit edma file, hit return key! > "
read x
open -a "Jedit X" $base2$file.edma
echo -n "To start EDMA, hit return key! > "
read x
$base1$edma $base2${file}.edma
echo -n "To view cif file by VESTA, hit return key! > "
read x
open -a "VESTA" $base2${file}.cif
*文献: [#k2ed310f]
-Favre-Nicolin, V. and Cerny, R. (2002) J. Appl. Cryst. 3...
-Momma, K.; Izumi, F. (2011) J. Appl. Cryst. 44, 1272-12...
-Oszlanyi, G. & Suto, A. (2004) Acta Cryst. A60, 134̵...
-Palatinus L., & Chapuis G. (2007) J. Appl. Cryst. 40, 78...
-van der Lee, A. (2013) J. Appl. Cryst., 46, 1306-1315
*プログラムの入手先: [#sb7170dc]
-[[SuperflipとEDMA:https://superflip.fzu.cz/]]
-[[Fox:https://vincefn.net/Fox/]]
-[[Vesta:https://jp-minerals.org/jp/]]
*ここで使った入出力ファイルとコード等 [#w69a3f84]
-[[fox2sflip.py:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/fox2s...
-[[sflip-symmetry.txt:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/data/...
-[[forsterite強度データ:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/dat...
-[[forsterite Fox XMLファイル:https://mkanzaki.sakura.ne....
-[[forsterite Superflip入力ファイル:https://mkanzaki.saku...
-[[forsterite Superflip出力ファイル:https://mkanzaki.saku...
-[[forsterite Superflip 電子密度ファイル:https://mkanzaki...
-[[forsterite EDMA入力ファイル:https://mkanzaki.sakura.ne...
-[[forsterite EDMA出力cifファイル:https://mkanzaki.sakura...
**もう少し難しい構造解析の例 [#n431458d]
***SDPD Round Robin 2のsample2(Sr5V3(O/OH/F)22)) [#ye8b6a...
SDPD Round Robin 2のsample2(Sr5V3(O/OH/F)22))をSuperfli...
***SDPD Round Robin 3のsample2 (LaWO) [#i8b491cd]
SDPD Round Robin 3のsample2 (LaWO)をFox+Superflipで解い...
終了行:
*FoxとSuperflipを使った粉末X線構造解析の手順 [#sa024d87]
-20220820: FOX2022にupdateされました。これならMacで問題な...
-2014 2/19: fox2sflip.pyを少し改良して、EDMA用の入力ファ...
charge flipping法(Oszlanyi & Suto, 2004)は比較的最近に...
新たにSuperflipを評価する必要があったので、粉末データを...
**charge flipping法の原理と粉末回折への応用 [#v906323b]
charge flipping法では、最初ランダムな位相と測定強度から...
粉末回折パターンではピークの重なりが不可避なため、重な...
**使用するデータ [#w1e5ad16]
今回は例としてforsterite (Mg2SiO4)の粉末X線回折データを...
**Foxによる強度データの抽出 [#ab4a98e0]
ここからはFoxを使ったピーク強度の抽出である。Foxは直接...
まずFoxを起動したら、ObjectsメニューからNew Crystal, Ne...
**Superflip用入力データの作成 [#id990818]
Foxでセーブしたデータはgzipで圧縮されている。ダブルクリ...
histogram matching法を使う場合には近接したピークをグル...
これを手動で変換するのは面倒なので、この変換も含めて、S...
% ./fox2sflip.py forsterite.xml 0.05
これでできるforsterite.inflipファイルはまだ完全ではないが...
Foxの空間群探索では非標準な空間群を含めて候補として示さ...
**Superflipの実行 [#uac0418b]
入力ファイルが出来たら、Superflipを実行するが、ターミナ...
% ./superflip forsterite.inflip
で計算を実行させることができる。ここでよくあるトラブルはh...
#image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/forsterite-ma...
**電子密度の解析 [#pc9ec6d8]
EDMAプログラムはSuperflipで得られた電子密度を解析して、...
% EDMA forsterite.edma
で実行する。cifファイルが作られるので、それをVestaで読む...
Vestaでも電子密度ピークの位置などを求めることができる。...
**その他のデータ [#ea39e103]
Foxで以前解析した自前データ等を10個くらい試してみた。...
#image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/AlPO4-mog-sup...
**結果がよくない場合の対応 [#w322a794]
試してみる価値のある調整は、2thetaの範囲(Fox上で), fwhm...
-もし重い原子だけ見えているなら、それらの原子座標をVesta...
全く見込みがない場合は、Foxで実空間探索法の計算を行う、...
**空間群が不明な場合 [#xb8dc7d3]
Foxの空間群探索では正解がRwpトップ3位以内に来ているこ...
空間群が不明な場合、ありそうな空間群をテストする。この...
charge flipping法は空間群を知らずに(P1で)解析できると論...
Superflipで得られた電子密度から空間群をチェックしたい場...
**構造の精密化 [#e701e3e8]
上記のように正しそうな初期構造を得たら、EDMAを実行してc...
**作業をshell scriptで制御 [#e3a3bda8]
一連の作業を行う時にはshell scriptでプログラムを逐次動...
#!/bin/bash
base1="./"
# directory for programs, change for your system
base2="./"
# directory for data files, change for your system
flip="superflip"
edma="EDMA"
f2sf="fox2sflip.py"
file=$1
open -a "fox"
echo -n "Input file name> "
read file
echo -n "Input fwhm (default=0.1) > "
read fwhm
gunzip $base2${file}.xml.gz
$base1$f2sf $base2${file}.xml $fwhm
echo -n "To edit inflip file, hit return key! > "
read x
open -a "Jedit X" $base2$file.inflip
echo -n "To start Superflip, hit return key! > "
read x
$base1$flip $base2${file}.inflip
echo -n "To view xplor file by VESTA, hit return key! > "
read x
open -a "VESTA" $base2${file}.xplor
echo -n "To edit edma file, hit return key! > "
read x
open -a "Jedit X" $base2$file.edma
echo -n "To start EDMA, hit return key! > "
read x
$base1$edma $base2${file}.edma
echo -n "To view cif file by VESTA, hit return key! > "
read x
open -a "VESTA" $base2${file}.cif
*文献: [#k2ed310f]
-Favre-Nicolin, V. and Cerny, R. (2002) J. Appl. Cryst. 3...
-Momma, K.; Izumi, F. (2011) J. Appl. Cryst. 44, 1272-12...
-Oszlanyi, G. & Suto, A. (2004) Acta Cryst. A60, 134̵...
-Palatinus L., & Chapuis G. (2007) J. Appl. Cryst. 40, 78...
-van der Lee, A. (2013) J. Appl. Cryst., 46, 1306-1315
*プログラムの入手先: [#sb7170dc]
-[[SuperflipとEDMA:https://superflip.fzu.cz/]]
-[[Fox:https://vincefn.net/Fox/]]
-[[Vesta:https://jp-minerals.org/jp/]]
*ここで使った入出力ファイルとコード等 [#w69a3f84]
-[[fox2sflip.py:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/fox2s...
-[[sflip-symmetry.txt:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/data/...
-[[forsterite強度データ:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/dat...
-[[forsterite Fox XMLファイル:https://mkanzaki.sakura.ne....
-[[forsterite Superflip入力ファイル:https://mkanzaki.saku...
-[[forsterite Superflip出力ファイル:https://mkanzaki.saku...
-[[forsterite Superflip 電子密度ファイル:https://mkanzaki...
-[[forsterite EDMA入力ファイル:https://mkanzaki.sakura.ne...
-[[forsterite EDMA出力cifファイル:https://mkanzaki.sakura...
**もう少し難しい構造解析の例 [#n431458d]
***SDPD Round Robin 2のsample2(Sr5V3(O/OH/F)22)) [#ye8b6a...
SDPD Round Robin 2のsample2(Sr5V3(O/OH/F)22))をSuperfli...
***SDPD Round Robin 3のsample2 (LaWO) [#i8b491cd]
SDPD Round Robin 3のsample2 (LaWO)をFox+Superflipで解い...
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