Quantum-Espressoの空間群入力 をテンプレートにして作成

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*Quantum-Espressoのpw.x用入力ファイルで結晶構造に空間群を... 　VESTAの出力する.vestaファイルからQuantum Espressoのpw.x... **前書き 　pw.xの入力ファイルでは結晶構造を指定する必要があります... **使用方法 　Pythonコードの[[[ダウンロード:https://mkanzaki.sakura.n... +このコードはVestaの*.vestaファイルを構造データとして使う... +次にVESTAのEditメニューからEdit Data--> Unit Cell...を選... +逆にRhombohedralでSetting No.が1で(Hexagonal axes)となっ... +Setting No.を変えた場合はOKボタンをクリックします。 +次にUtilitiesメニューからStandarization of Crystal Data... +最後にFileメニューからSaveまたはSave As...で.vestaファイ... 　次にvesta2pw.pyと同じディレクトリに*.vestaファイルを入... % ./vesta2pw.py test.vesta scf % ./vesta2pw.py test.vesta relax % ./vesta2pw.py test.vesta vc-relax 　もしPythonのあるパスがvesta2pw.pyの最初の行と異なる時は... 　なおPATHを切っておけばvesta2pw.pyはどこにあっても構いま... 　これで上の例だとtest.inファイルが同じディレクトリに出来... +*.inをエディタで開いて必要な変更を行った後に、pw.xを実行... **コードの注意点 　得られる*.inはあくまでもtemplateです。必要な計算精度等... 　固溶体や占有率が100%でない構造はこのコードでは対象外で... 　pw.xは現時点では標準設定の空間群しか扱えません。なので... 　pw.xはWyckoff symbolを読むことができるのですが、どうも... 　pw.xでは空間群によって格子原点として２つ可能な場合があ... 　rhombohedral cellの場合はhexagonal cellとrhombohedral c... 　pw.xの出力は残念ながら元の空間群で使った座標に変換まで... 　上記はQuantum Espressoのバージョンアップで変わる可能性... **作成した*.inファイルがうまく動かない時 　構造データとInternational Tables Aを見ながら直すのがベ... 　空間群を使うのを諦めて、ibravを使うのが最後のオプション... **計算結果の構造をVESTAで見る 　vc-relax, relax計算を行った場合には最適化された構造がど... 　使い方は簡単で、出力ファイル名を引数に取るだけです。*.x... > ./pwout2xtl.py test.out 　前にも書いたように出力ファイルの構造は使った空間群に対... 　例えばC面心格子からpw.xで計算した後の出力は単純格子にな... 1 -1 0 1 1 0 0 0 1 に変えて、OKボタンをクリック。ダイアログが出るが、そのま...

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*Quantum-Espressoのpw.x用入力ファイルで結晶構造に空間群を... 　VESTAの出力する.vestaファイルからQuantum Espressoのpw.x... **前書き 　pw.xの入力ファイルでは結晶構造を指定する必要があります... **使用方法 　Pythonコードの[[[ダウンロード:https://mkanzaki.sakura.n... +このコードはVestaの*.vestaファイルを構造データとして使う... +次にVESTAのEditメニューからEdit Data--> Unit Cell...を選... +逆にRhombohedralでSetting No.が1で(Hexagonal axes)となっ... +Setting No.を変えた場合はOKボタンをクリックします。 +次にUtilitiesメニューからStandarization of Crystal Data... +最後にFileメニューからSaveまたはSave As...で.vestaファイ... 　次にvesta2pw.pyと同じディレクトリに*.vestaファイルを入... % ./vesta2pw.py test.vesta scf % ./vesta2pw.py test.vesta relax % ./vesta2pw.py test.vesta vc-relax 　もしPythonのあるパスがvesta2pw.pyの最初の行と異なる時は... 　なおPATHを切っておけばvesta2pw.pyはどこにあっても構いま... 　これで上の例だとtest.inファイルが同じディレクトリに出来... +*.inをエディタで開いて必要な変更を行った後に、pw.xを実行... **コードの注意点 　得られる*.inはあくまでもtemplateです。必要な計算精度等... 　固溶体や占有率が100%でない構造はこのコードでは対象外で... 　pw.xは現時点では標準設定の空間群しか扱えません。なので... 　pw.xはWyckoff symbolを読むことができるのですが、どうも... 　pw.xでは空間群によって格子原点として２つ可能な場合があ... 　rhombohedral cellの場合はhexagonal cellとrhombohedral c... 　pw.xの出力は残念ながら元の空間群で使った座標に変換まで... 　上記はQuantum Espressoのバージョンアップで変わる可能性... **作成した*.inファイルがうまく動かない時 　構造データとInternational Tables Aを見ながら直すのがベ... 　空間群を使うのを諦めて、ibravを使うのが最後のオプション... **計算結果の構造をVESTAで見る 　vc-relax, relax計算を行った場合には最適化された構造がど... 　使い方は簡単で、出力ファイル名を引数に取るだけです。*.x... > ./pwout2xtl.py test.out 　前にも書いたように出力ファイルの構造は使った空間群に対... 　例えばC面心格子からpw.xで計算した後の出力は単純格子にな... 1 -1 0 1 1 0 0 0 1 に変えて、OKボタンをクリック。ダイアログが出るが、そのま...

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