QE7.2/7.3_to_Fedora39
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開始行:
*Quantum-Espresso 7.2/7.3のLinux Fedora39へのインストール...
#contents
----
-Quantum-Espresso(QE)は、フリーでポピュラーな擬ポテンシャ...
-以下[[QE7.0_to_Fedora36]]とほぼ重複するが、QE7.2/7.3用に...
-(注意)Fedora39からFedora40へバージョンアップする際に、...
**Fedora39のインストール
USBメモリへ書き込んで、USBメモリからブートしてインスト...
**gcc等のインストール
gccは[[https://gcc.gnu.org/]]からソースがダウンロードで...
いくつか足りないものがあるので、以下をTerminalから実行。
% ./contrib/download_prerequisites
必要なものを自動でインストールしてくれる。しかし./configu...
% sudo dnf install gcc-c++
実はこれ実行するとgcc自体もちょっと古いものが自動的にイ...
% ./configure --disable-multilib
今度はエラーが出ないはず。これで以下を実行する。makeは...
% make
終わったら、make installで、これにはsudoが必要。
% sudo make install
これでgcc等必要なものがコンパイルできた。それらの実行フ...
% echo $PATH
/usr/local/bin, /usr/binがPATHに含まれていない場合は、....
LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib64"
export LD_LIBRARY_PATH
私は普通vi/vimを使って編集するが、GUIで編集したい方はFi...
**openmpiのインストール
openmpiは https://www.open-mpi.org/ からダウンロードす...
% ./configure
% make
% sudo make install
こちらもLD_LIBRARY_PATHに/usr/local/lib/openmpi(または...
**MKL(IntelのoneAPI Math Kernel Library)のインストール
BLAS, LAPACK, FFTWのライブラリーはQEのソースにも用意さ...
インストールの仕方は色々提供されているので、どれかを選...
(2024/08/13追記)最近MKLをインストールした時は(Fedora39)...
**Quantum Espressoのインストール
(libxcを使う方は先に下のlibxcのインストールを読んでく...
Quantum Espressoのウェブサイトはhttps://www.quantum-espre...
> make all
これで必要な実行ファイルができるはずであるが、現状7.2と7....
make allでエラーが出た後なら、まずはmake cleanをする。e...
% ./configure
% make all
そうするとエラーの元となったdevice_fbuff_m.modなどがsrc...
(20241016追記) Fedora40 + QE7.3.1でmake allした時にはwan...
さらにQEのbinディレクトリー(/home/user-name/qe-7.3/bin...
いくつか7.2と7.3で同じ計算をして比べてみた(pw, ph)。も...
**libxcのインストール
普段使っている擬ポテンシャルでは必要ないが、私の場合はS...
次にQuantum Espressoのconfigure時に、以下のオプションを...
% ./configure --with-libxc --with-libxc-prefix='/opt/ets...
ただこのままでmake allするとまだエラーが出る。上で書いた...
なお、これでmake allした時にgipaw.xがbinから消去された...
**AMD CPU PCへのインストール
AMD CPUの場合も同様にしてインストールできる。ユーザーガ...
% export MKL_DEBUG_CPU_TYPE=5
% export MKL_CBWR=AUTO
**qe-gipawのインストール
NMR,ESR関係の計算を行うプログラムで、昔はQE本体と一緒だ...
% ./configure --with-qe-source=../..
% make
でgipawがコンパイルできた。srcにgipaw.x実行ファイルがある...
**VESTAのインストール
QEと直接関係ないが、QEの入力ファイルの構造部分作成のた...
別のPCではrpmでインストールうまくできず、その時はVESTA-...
**Anacondaのmpirun
anacondaをインストールした後で、mpirunを実行するとsingl...
**idle_injection
1つのPCで計算速度が明らかに遅くなったので、topコマンド...
終了行:
*Quantum-Espresso 7.2/7.3のLinux Fedora39へのインストール...
#contents
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-Quantum-Espresso(QE)は、フリーでポピュラーな擬ポテンシャ...
-以下[[QE7.0_to_Fedora36]]とほぼ重複するが、QE7.2/7.3用に...
-(注意)Fedora39からFedora40へバージョンアップする際に、...
**Fedora39のインストール
USBメモリへ書き込んで、USBメモリからブートしてインスト...
**gcc等のインストール
gccは[[https://gcc.gnu.org/]]からソースがダウンロードで...
いくつか足りないものがあるので、以下をTerminalから実行。
% ./contrib/download_prerequisites
必要なものを自動でインストールしてくれる。しかし./configu...
% sudo dnf install gcc-c++
実はこれ実行するとgcc自体もちょっと古いものが自動的にイ...
% ./configure --disable-multilib
今度はエラーが出ないはず。これで以下を実行する。makeは...
% make
終わったら、make installで、これにはsudoが必要。
% sudo make install
これでgcc等必要なものがコンパイルできた。それらの実行フ...
% echo $PATH
/usr/local/bin, /usr/binがPATHに含まれていない場合は、....
LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/lib64"
export LD_LIBRARY_PATH
私は普通vi/vimを使って編集するが、GUIで編集したい方はFi...
**openmpiのインストール
openmpiは https://www.open-mpi.org/ からダウンロードす...
% ./configure
% make
% sudo make install
こちらもLD_LIBRARY_PATHに/usr/local/lib/openmpi(または...
**MKL(IntelのoneAPI Math Kernel Library)のインストール
BLAS, LAPACK, FFTWのライブラリーはQEのソースにも用意さ...
インストールの仕方は色々提供されているので、どれかを選...
(2024/08/13追記)最近MKLをインストールした時は(Fedora39)...
**Quantum Espressoのインストール
(libxcを使う方は先に下のlibxcのインストールを読んでく...
Quantum Espressoのウェブサイトはhttps://www.quantum-espre...
> make all
これで必要な実行ファイルができるはずであるが、現状7.2と7....
make allでエラーが出た後なら、まずはmake cleanをする。e...
% ./configure
% make all
そうするとエラーの元となったdevice_fbuff_m.modなどがsrc...
(20241016追記) Fedora40 + QE7.3.1でmake allした時にはwan...
さらにQEのbinディレクトリー(/home/user-name/qe-7.3/bin...
いくつか7.2と7.3で同じ計算をして比べてみた(pw, ph)。も...
**libxcのインストール
普段使っている擬ポテンシャルでは必要ないが、私の場合はS...
次にQuantum Espressoのconfigure時に、以下のオプションを...
% ./configure --with-libxc --with-libxc-prefix='/opt/ets...
ただこのままでmake allするとまだエラーが出る。上で書いた...
なお、これでmake allした時にgipaw.xがbinから消去された...
**AMD CPU PCへのインストール
AMD CPUの場合も同様にしてインストールできる。ユーザーガ...
% export MKL_DEBUG_CPU_TYPE=5
% export MKL_CBWR=AUTO
**qe-gipawのインストール
NMR,ESR関係の計算を行うプログラムで、昔はQE本体と一緒だ...
% ./configure --with-qe-source=../..
% make
でgipawがコンパイルできた。srcにgipaw.x実行ファイルがある...
**VESTAのインストール
QEと直接関係ないが、QEの入力ファイルの構造部分作成のた...
別のPCではrpmでインストールうまくできず、その時はVESTA-...
**Anacondaのmpirun
anacondaをインストールした後で、mpirunを実行するとsingl...
**idle_injection
1つのPCで計算速度が明らかに遅くなったので、topコマンド...
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