QE用pythonコード
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開始行:
*Quantum-Espresso用のpythonコード(2023/11/24)
----
(更新)
-20240814 dynG.pyを追加。
-20240515 pp-cutoff.pyを追加。
-20231203 pwout2in.inにバグありました。変換前の*.inファイ...
-20231126 vesta2pw.inにバグありました。space group名をコ...
----
Quantum-Espresso(以下QE)をよく使うので、そのための入力...
これらは私の個人的利用で主に使っていて、エラー処理など...
**vesta2pw.py
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/vesta2pw.p...
このコードはVESTAの結晶構造を記述したファイル(*.vesta...
このコードを使う前に、結晶構造をCOD等からcifなどの形式...
% ./vesta2pw.py test.vesta vc-relax
test部分は実際の名前に変えてください。なお「./vesta2pw.py...
pw.xは空間群から自動的に複合セル(fcc, bcc,底面心など)...
空間群を使うと対称性(点群)を正しくプログラムに認識さ...
**xtl2pw.py
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/xtl2pw.py]]
これも上記と同じ目的ですが、空間群を使わない場合のコー...
まずはVESTAで計算したいものの結晶構造を表示させてくださ...
% xtl2pw.py test.xtl vc-relax 0
2番目の引数にはvc-relax以外にrelax, scfが使えます。実...
原子位置が0に非常に近い場合に単位格子外の余分な原子を完...
vesta2pw.py同様に、作成された*.inファイルは私のよく使う...
**pwout2xtl.py
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/pwout2xtl....
QEのpw.xの出力結果には構造データも入ってますが、現在の...
% pwout2xtl.py test.out
Macの場合はVESTAが自動的に起動されて、結果のxtlファイル...
複合格子の場合は単純格子で計算して、その結果(構造)も...
**pwout2in.py
(2023/12/3) update: ibrav=0の入力ファイルだと前のcell mat...
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/pwout2in.p...
これはpw.xの出力結果の座標データから入力ファイルを作る...
% pwout2in.py test
これでtest.new.inが作成されます。必要に応じてrenameしてく...
新しく作られる*.inは常にibarv=0となります(元の入力ファ...
**pp-cutoff.py
[[download:https:/mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/pp-cutoff.p...
pwscf計算(pw.x)の入力ファイルで設定するecutwfcとecutrho...
% pp-cutoff.py test.in
実行すると、各pseudopotentialファイルのsuggested minimum...
**auto-bader.py
[[download:https:/mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/auto-bader....
これはBaderの電荷解析を行う時にプログラムです。Henkelma...
% ./auto-bader.py test
実行すると、pp.x用の全電子と価電子の入力ファイルを作り、...
**density.py
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/density.py]]
これは先のauto-bader.pyから、Bader部分を除いて、単に電...
% ./density.py test
実行すると、pp.x用の入力ファイルを作り、それを使ってpp.x...
**phq0in.py
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/phq0in.py]]
これはフォノン計算(ph.x)でq=0計算の入力雛形ファイルを作...
% pwout2xtl.py test.in
これでtest.ph.inが作成されます。これをph.xの入力ファイル...
また、質量がコメントアウトされてますが、質量は指定しな...
**ph2vesta.py
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/ph2vesta.z...
これはフォノン計算(ph.x)でq=0計算の基準モード周波数の結...
% ph2vesta.py test.ph.out test.dyn test.out.vesta
1番目の引数はph.xの出力ファイル名で、2番目はdynファイル...
なお、複合セルで計算して単純セルに変換された場合は、ま...
**ph2gif.py
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/ph2gif.zip...
上記と密接に関連しているのですが、こちらはモードの変位...
使い方はph2vesta.pyと同じで、ph.x計算でq=0の計算を行い...
# ph2gif.py test.ph.out test.dyn test.out.vesta
1番目の引数はph.xの出力ファイルで、2番目はdynファイル、...
もし、ファイルが見つからないというエラーが出る時は、VES...
なお、こちらの場合は複合セルで計算して単純セルに変換さ...
できたgif動画で余白が多い場合は、画像の編集プログラム(...
**ph2png.py
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/ph2png.py]]
これは上記のph2gif.pyからgifを作成するpillowに関連する...
% ph2png.py test.ph.out test.dyn test.out.vesta
ph2gif.pyとの違いは、実行後にpngファイルが沢山生じている...
**dynmat2plot.py
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/dynmat2plo...
これはdynmat.xの出力ファイルを読んで、ガウス関数を各モ...
% dynmat2plot.py test.dm.out 1.05 1.0
第1引数はdynmat.xの出力ファイル名、第2引数は横軸(波数...
実行するとスペクトルのmatplotlibによるプロットが出てき...
なお、デフォルトでは0から4000 cm-1まで計算します(1 cm-...
なお赤外吸収の強度などについてはPDielecという粉末試料の...
**dynG.py
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/dynG.py]]
これは上記PDielecでQuantum Espressoの計算結果を使う場合...
% dynG.py test-pw.out test-ph.dyn
これでtest-ph.dynGが作成されます。これをPDielecから読みま...
**格子の変換
QEで空間群を使って複合セル(F,I,C)などを扱った場合に、...
***単純セルから面心セル(fcc)へ戻す回転マトリックス
,-1,-1,1
,1,-1,-1
,1,1,1
***菱面体から六方晶セルへ戻す回転マトリックス
,-1,1,1
,0,-1,1
,1,0,1
***単純セルからC底面心へ戻す回転マトリックス
,1,1,0
,-1,1,0
,0,0,1
***単純セルから体心セル(BCC)へ戻す回転マトリックス
,1,0,1
,-1,1,0
,0,-1,1
または
,1,1,0
,-1,0,1
,0,-1,1
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*Quantum-Espresso用のpythonコード(2023/11/24)
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(更新)
-20240814 dynG.pyを追加。
-20240515 pp-cutoff.pyを追加。
-20231203 pwout2in.inにバグありました。変換前の*.inファイ...
-20231126 vesta2pw.inにバグありました。space group名をコ...
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Quantum-Espresso(以下QE)をよく使うので、そのための入力...
これらは私の個人的利用で主に使っていて、エラー処理など...
**vesta2pw.py
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/vesta2pw.p...
このコードはVESTAの結晶構造を記述したファイル(*.vesta...
このコードを使う前に、結晶構造をCOD等からcifなどの形式...
% ./vesta2pw.py test.vesta vc-relax
test部分は実際の名前に変えてください。なお「./vesta2pw.py...
pw.xは空間群から自動的に複合セル(fcc, bcc,底面心など)...
空間群を使うと対称性(点群)を正しくプログラムに認識さ...
**xtl2pw.py
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/xtl2pw.py]]
これも上記と同じ目的ですが、空間群を使わない場合のコー...
まずはVESTAで計算したいものの結晶構造を表示させてくださ...
% xtl2pw.py test.xtl vc-relax 0
2番目の引数にはvc-relax以外にrelax, scfが使えます。実...
原子位置が0に非常に近い場合に単位格子外の余分な原子を完...
vesta2pw.py同様に、作成された*.inファイルは私のよく使う...
**pwout2xtl.py
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/pwout2xtl....
QEのpw.xの出力結果には構造データも入ってますが、現在の...
% pwout2xtl.py test.out
Macの場合はVESTAが自動的に起動されて、結果のxtlファイル...
複合格子の場合は単純格子で計算して、その結果(構造)も...
**pwout2in.py
(2023/12/3) update: ibrav=0の入力ファイルだと前のcell mat...
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/pwout2in.p...
これはpw.xの出力結果の座標データから入力ファイルを作る...
% pwout2in.py test
これでtest.new.inが作成されます。必要に応じてrenameしてく...
新しく作られる*.inは常にibarv=0となります(元の入力ファ...
**pp-cutoff.py
[[download:https:/mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/pp-cutoff.p...
pwscf計算(pw.x)の入力ファイルで設定するecutwfcとecutrho...
% pp-cutoff.py test.in
実行すると、各pseudopotentialファイルのsuggested minimum...
**auto-bader.py
[[download:https:/mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/auto-bader....
これはBaderの電荷解析を行う時にプログラムです。Henkelma...
% ./auto-bader.py test
実行すると、pp.x用の全電子と価電子の入力ファイルを作り、...
**density.py
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/density.py]]
これは先のauto-bader.pyから、Bader部分を除いて、単に電...
% ./density.py test
実行すると、pp.x用の入力ファイルを作り、それを使ってpp.x...
**phq0in.py
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/phq0in.py]]
これはフォノン計算(ph.x)でq=0計算の入力雛形ファイルを作...
% pwout2xtl.py test.in
これでtest.ph.inが作成されます。これをph.xの入力ファイル...
また、質量がコメントアウトされてますが、質量は指定しな...
**ph2vesta.py
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/ph2vesta.z...
これはフォノン計算(ph.x)でq=0計算の基準モード周波数の結...
% ph2vesta.py test.ph.out test.dyn test.out.vesta
1番目の引数はph.xの出力ファイル名で、2番目はdynファイル...
なお、複合セルで計算して単純セルに変換された場合は、ま...
**ph2gif.py
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/ph2gif.zip...
上記と密接に関連しているのですが、こちらはモードの変位...
使い方はph2vesta.pyと同じで、ph.x計算でq=0の計算を行い...
# ph2gif.py test.ph.out test.dyn test.out.vesta
1番目の引数はph.xの出力ファイルで、2番目はdynファイル、...
もし、ファイルが見つからないというエラーが出る時は、VES...
なお、こちらの場合は複合セルで計算して単純セルに変換さ...
できたgif動画で余白が多い場合は、画像の編集プログラム(...
**ph2png.py
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/ph2png.py]]
これは上記のph2gif.pyからgifを作成するpillowに関連する...
% ph2png.py test.ph.out test.dyn test.out.vesta
ph2gif.pyとの違いは、実行後にpngファイルが沢山生じている...
**dynmat2plot.py
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/dynmat2plo...
これはdynmat.xの出力ファイルを読んで、ガウス関数を各モ...
% dynmat2plot.py test.dm.out 1.05 1.0
第1引数はdynmat.xの出力ファイル名、第2引数は横軸(波数...
実行するとスペクトルのmatplotlibによるプロットが出てき...
なお、デフォルトでは0から4000 cm-1まで計算します(1 cm-...
なお赤外吸収の強度などについてはPDielecという粉末試料の...
**dynG.py
[[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/dynG.py]]
これは上記PDielecでQuantum Espressoの計算結果を使う場合...
% dynG.py test-pw.out test-ph.dyn
これでtest-ph.dynGが作成されます。これをPDielecから読みま...
**格子の変換
QEで空間群を使って複合セル(F,I,C)などを扱った場合に、...
***単純セルから面心セル(fcc)へ戻す回転マトリックス
,-1,-1,1
,1,-1,-1
,1,1,1
***菱面体から六方晶セルへ戻す回転マトリックス
,-1,1,1
,0,-1,1
,1,0,1
***単純セルからC底面心へ戻す回転マトリックス
,1,1,0
,-1,1,0
,0,0,1
***単純セルから体心セル(BCC)へ戻す回転マトリックス
,1,0,1
,-1,1,0
,0,-1,1
または
,1,1,0
,-1,0,1
,0,-1,1
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