PDielecの使用法メモ をテンプレートにして作成

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*PDielecの使用法メモ（20240606作成:20240814最終更新） #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/PDielec-examp... CENTER:phase A [Mg7Si2O8(OH)6)]のOH伸縮振動部分（赤外吸収） ---- #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/coesite-510cm... CENTER:coesiteの520 cm-1 Ramanモードのgif動画（振動変位は... #contents **前書き 　粉末誘電体の赤外吸収スペクトルは粒径、粒子形状、使って... 　また、以下はQuantum Espressoの出力でPDielecを動かすこと... **インストール 　PDielecのパッケージはgithubにあります。condaなどでイン... 　PDielecはpythonのプログラムなので、pythonの環境が必要で... 　インストールが終わったら（condaの場合、conda activate p... &color(green,white){PDielecを起動したい時はターミナルを開... 　前記の論文ではターミナルでの使用例が示されていてますが... **Quantum Espresso出力（dynファイル）での使用法 　Quantum EspressoのPHononコード(ph.x)の出力ファイルの１... 　既に計算してあったdynファイルをいくつか読ませたところ、... 　PHonon計算する前に、普通PWscf(pw.x)で構造を最適化します... 　PHonon計算の方ですが、''入力ファイルでepsil = .true.で... 　一応上記２点に対応させるとdynGの読み込みは成功して、粉... 　なお、M3 MacBookAirだと、pdguiのウィンドウ下部が画面か... 　さて実際に計算する場合にはibrav = 0で計算するか、または... **エラーの出るdynGファイルを直す方法（マニュアル） 　3行目の３つ目のコラムを0にして、４つ目のコラム（= celld... そして4行目に以下を挿入。 Basis vectors そしてその次にpw.xの出力の構造最適化されたCELL_PARAMETERS... 　以下はdiasporeでの計算例。最初は空間群を使った入力ファ... Dynamical matrix file phonon of diaspore pbesol ... 3 16 8 17.7689343 0.3023712 0.4634348 0.000... 1 'Al ' 24592.588567557767 2 'O ' 14582.196445495396 3 'H ' 918.73579705352574 以下略 　次は手直しして、Basis vectorsなどを追加したもの。 Dynamical matrix file phonon of diaspore pbesol ... 3 16 0 17.7689343 0.0000000 0.000000 0.0000... Basis vectors 0.998080364 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.301790745 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.462545137 1 'Al ' 24592.588567557767 2 'O ' 14582.196445495396 3 'H ' 918.73579705352574 以下略 　この編集したファイルはエラーを出さずに読み込めました。M... **エラーの出るdynGファイルを自動で直す方法 　上記マニュアルでやっていたことを自動化したpythonコード(... [[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/dynG.py]] 　最初の行のpython3の場所を正しく設定します。なおalatとマ... % dynG.py test-pw.out test-ph.dyn これをターミナルで実行すると、test-ph.dynGが作成されます... **ibrav = 0での計算用のpw.xの入力ファイルの作成方法 　私の作っているxtl2pw.pyはxtlファイルからpw.x用の入力フ... 　まずは入力ファイルを開いて、ibrav = 0とします。そうなる... CELL_PARAMETERS (alat= 20.00842021) 1.004344960 0.000000000 -0.000388049 0.000000000 1.343906566 0.000000000 -0.233130619 0.000000000 0.929018807 **ibrav = 0での計算用のpw.xの入力ファイルの別の作成方法 　ibrav = 0の入力ファイルを作るもう１つの方法は、まずはve...

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*PDielecの使用法メモ（20240606作成:20240814最終更新） #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/PDielec-examp... CENTER:phase A [Mg7Si2O8(OH)6)]のOH伸縮振動部分（赤外吸収） ---- #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/coesite-510cm... CENTER:coesiteの520 cm-1 Ramanモードのgif動画（振動変位は... #contents **前書き 　粉末誘電体の赤外吸収スペクトルは粒径、粒子形状、使って... 　また、以下はQuantum Espressoの出力でPDielecを動かすこと... **インストール 　PDielecのパッケージはgithubにあります。condaなどでイン... 　PDielecはpythonのプログラムなので、pythonの環境が必要で... 　インストールが終わったら（condaの場合、conda activate p... &color(green,white){PDielecを起動したい時はターミナルを開... 　前記の論文ではターミナルでの使用例が示されていてますが... **Quantum Espresso出力（dynファイル）での使用法 　Quantum EspressoのPHononコード(ph.x)の出力ファイルの１... 　既に計算してあったdynファイルをいくつか読ませたところ、... 　PHonon計算する前に、普通PWscf(pw.x)で構造を最適化します... 　PHonon計算の方ですが、''入力ファイルでepsil = .true.で... 　一応上記２点に対応させるとdynGの読み込みは成功して、粉... 　なお、M3 MacBookAirだと、pdguiのウィンドウ下部が画面か... 　さて実際に計算する場合にはibrav = 0で計算するか、または... **エラーの出るdynGファイルを直す方法（マニュアル） 　3行目の３つ目のコラムを0にして、４つ目のコラム（= celld... そして4行目に以下を挿入。 Basis vectors そしてその次にpw.xの出力の構造最適化されたCELL_PARAMETERS... 　以下はdiasporeでの計算例。最初は空間群を使った入力ファ... Dynamical matrix file phonon of diaspore pbesol ... 3 16 8 17.7689343 0.3023712 0.4634348 0.000... 1 'Al ' 24592.588567557767 2 'O ' 14582.196445495396 3 'H ' 918.73579705352574 以下略 　次は手直しして、Basis vectorsなどを追加したもの。 Dynamical matrix file phonon of diaspore pbesol ... 3 16 0 17.7689343 0.0000000 0.000000 0.0000... Basis vectors 0.998080364 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.301790745 0.000000000 0.000000000 0.000000000 0.462545137 1 'Al ' 24592.588567557767 2 'O ' 14582.196445495396 3 'H ' 918.73579705352574 以下略 　この編集したファイルはエラーを出さずに読み込めました。M... **エラーの出るdynGファイルを自動で直す方法 　上記マニュアルでやっていたことを自動化したpythonコード(... [[download:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/codes/dynG.py]] 　最初の行のpython3の場所を正しく設定します。なおalatとマ... % dynG.py test-pw.out test-ph.dyn これをターミナルで実行すると、test-ph.dynGが作成されます... **ibrav = 0での計算用のpw.xの入力ファイルの作成方法 　私の作っているxtl2pw.pyはxtlファイルからpw.x用の入力フ... 　まずは入力ファイルを開いて、ibrav = 0とします。そうなる... CELL_PARAMETERS (alat= 20.00842021) 1.004344960 0.000000000 -0.000388049 0.000000000 1.343906566 0.000000000 -0.233130619 0.000000000 0.929018807 **ibrav = 0での計算用のpw.xの入力ファイルの別の作成方法 　ibrav = 0の入力ファイルを作るもう１つの方法は、まずはve...

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