GULPについて
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開始行:
*GULPの最初の一歩
#contents
----
**GULPについて
(ここで説明しているGULPは格子力学などの計算を行うもので、...
GULP(General Utility Lattice Program)はJulian D. Gale教...
>GULP is a program designed for performing lattice dynami...
**GULPの機能(これもGULPのIntroから)
-系:3-Dバルク、0-Dクラスター、3-D中の欠陥、1-Dのポリマー...
-エネルギー最小化:定圧、定積、シェルだけの緩和(光学的)...
-自由エネルギー最小化:2体、3体、4体ポテンシャルに対す...
-遷移状態:n次定常点の位置、モードフォローイング
-結晶物性(以下の2項目)
-弾性定数:バルク、ヤング、シアーモデュラス、静的誘電率
-フォノン周波数:フォノン状態密度、射影フォノン状態密度、...
-欠陥物性:欠陥エネルギー、欠陥移動の遷移状態、欠陥周波数
-クラスター:全ての計算がクラスターにもできる(意味があれ...
-分子動力学:有限質量または断熱法のshell model MD、NVE, N...
-モンテカルロ:固定Nまたはグランドカノニカル、剛体分子の...
-ポテンシャルへのフィット:計算された全ての物性への経験的...
-ポテンシャルライブラリー:標準ポテンシャルのライブラリー...
-shell model:ダイポーラーとスフェリカルブリーシングshell...
-Embedded atom method:合金スケーリングを含む金属に対する...
-エネルギー超曲面へのフィット:QM由来エネルギー曲面のフィ...
-電気陰性度平衡法:Mortiersの方法を使ってケイ酸塩と有機物...
-構造解析:結合長、結合角、捻れ角、密度、体積を計算する
-構造の操作:スーパーセルの作成
-静電サイトポテンシャル
-電場勾配と非対称性パラメータの計算
-他プログラム用の入力ファイル生成:GDIS, marvin, Cerius2,...
**GULPの入手方法
[[GULPのページ:https://gulp.curtin.edu.au/gulp/]]でまず...
**GULPのコンパイル
Windows版はコンパイルしたものがあるようですが、Mac, Lin...
Srcディレクトリに移動して、ここにF90ソースとコンパイル...
./mkgulp
を実行する。シリアル版だとこれだけでOK。MPIを使う場合など...
**GULPの使用方法
マニュアルもありますし、サンプルも多数あるので、まずは...
プログラムは
> gulp < test.gin > test.got
で実行できますが、実際ターミナルで実行してみると1つ問題...
> gulp < test.gin | cat > test.got
と一度パイプでcatに渡してからリダイレクトしたら全て書き込...
**forsteriteのポテンシャル最適化と構造最適化の入力ファイル
例としてforsterite (Mg2SiO4)のポテンシャル最適化と構造...
最初の行にどういう計算をするかのキーワードが入ってます...
2〜3行は格子定数、その次行から結晶中原子の内部座標が...
座標値の後には空間群の指定があります。番号かHM記号で指...
その次のspeciesは原子種で価数を定義します。ここでも酸素...
次はポテンシャルの指定で、ここではよく使われるバッキン...
その次のspringはshell modelで使われていて、酸素のcore-s...
threeは3体間ポテンシャルのことで、この例ではO-Si-Oにつ...
圧力を指定したい場合はPressureで出来ます。それに応じて...
最適化した構造はcifで出力できます。一番最後のoutputがそ...
fit simul opti conp
cell
4.756000 10.207000 5.980000 90.000000 90.000000 ...
fractional
Mg core 0.000000 0.000000 0.000000
Mg core 0.991500 0.277400 0.250000
Si core 0.426200 0.094000 0.250000
O core 0.765700 0.091300 0.250000
O shel 0.765700 0.091300 0.250000
O core 0.221500 0.447400 0.250000
O shel 0.221500 0.447400 0.250000
O core 0.277700 0.162800 0.033100
O shel 0.277700 0.162800 0.033100
space
P b n m
species
Mg core 2.00000
Si core 4.00000
O core 0.86902
O shel -2.86902
buckingham
Mg core O shel 946.627 0.31813 0.00000 0.0 10.0 1 0 0
Si core O shel 1283.907 0.32052 10.66158 0.0 10.0 1 0 0
O shel O shel 22764.000 0.14900 27.87900 0.0 12.0 0 0 0
spring
O 74.92 0
three
Si core O shel O shel 2.09724 109.47 1.9 1.9 3.5 0 0
pressure 0 GPa
output cif forsterite-fit
出力ファイルや構造をチェックして、おかしい場合は入力パ...
この例では構造は1つしかありませんが、複数の構造を入れ...
終了行:
*GULPの最初の一歩
#contents
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**GULPについて
(ここで説明しているGULPは格子力学などの計算を行うもので、...
GULP(General Utility Lattice Program)はJulian D. Gale教...
>GULP is a program designed for performing lattice dynami...
**GULPの機能(これもGULPのIntroから)
-系:3-Dバルク、0-Dクラスター、3-D中の欠陥、1-Dのポリマー...
-エネルギー最小化:定圧、定積、シェルだけの緩和(光学的)...
-自由エネルギー最小化:2体、3体、4体ポテンシャルに対す...
-遷移状態:n次定常点の位置、モードフォローイング
-結晶物性(以下の2項目)
-弾性定数:バルク、ヤング、シアーモデュラス、静的誘電率
-フォノン周波数:フォノン状態密度、射影フォノン状態密度、...
-欠陥物性:欠陥エネルギー、欠陥移動の遷移状態、欠陥周波数
-クラスター:全ての計算がクラスターにもできる(意味があれ...
-分子動力学:有限質量または断熱法のshell model MD、NVE, N...
-モンテカルロ:固定Nまたはグランドカノニカル、剛体分子の...
-ポテンシャルへのフィット:計算された全ての物性への経験的...
-ポテンシャルライブラリー:標準ポテンシャルのライブラリー...
-shell model:ダイポーラーとスフェリカルブリーシングshell...
-Embedded atom method:合金スケーリングを含む金属に対する...
-エネルギー超曲面へのフィット:QM由来エネルギー曲面のフィ...
-電気陰性度平衡法:Mortiersの方法を使ってケイ酸塩と有機物...
-構造解析:結合長、結合角、捻れ角、密度、体積を計算する
-構造の操作:スーパーセルの作成
-静電サイトポテンシャル
-電場勾配と非対称性パラメータの計算
-他プログラム用の入力ファイル生成:GDIS, marvin, Cerius2,...
**GULPの入手方法
[[GULPのページ:https://gulp.curtin.edu.au/gulp/]]でまず...
**GULPのコンパイル
Windows版はコンパイルしたものがあるようですが、Mac, Lin...
Srcディレクトリに移動して、ここにF90ソースとコンパイル...
./mkgulp
を実行する。シリアル版だとこれだけでOK。MPIを使う場合など...
**GULPの使用方法
マニュアルもありますし、サンプルも多数あるので、まずは...
プログラムは
> gulp < test.gin > test.got
で実行できますが、実際ターミナルで実行してみると1つ問題...
> gulp < test.gin | cat > test.got
と一度パイプでcatに渡してからリダイレクトしたら全て書き込...
**forsteriteのポテンシャル最適化と構造最適化の入力ファイル
例としてforsterite (Mg2SiO4)のポテンシャル最適化と構造...
最初の行にどういう計算をするかのキーワードが入ってます...
2〜3行は格子定数、その次行から結晶中原子の内部座標が...
座標値の後には空間群の指定があります。番号かHM記号で指...
その次のspeciesは原子種で価数を定義します。ここでも酸素...
次はポテンシャルの指定で、ここではよく使われるバッキン...
その次のspringはshell modelで使われていて、酸素のcore-s...
threeは3体間ポテンシャルのことで、この例ではO-Si-Oにつ...
圧力を指定したい場合はPressureで出来ます。それに応じて...
最適化した構造はcifで出力できます。一番最後のoutputがそ...
fit simul opti conp
cell
4.756000 10.207000 5.980000 90.000000 90.000000 ...
fractional
Mg core 0.000000 0.000000 0.000000
Mg core 0.991500 0.277400 0.250000
Si core 0.426200 0.094000 0.250000
O core 0.765700 0.091300 0.250000
O shel 0.765700 0.091300 0.250000
O core 0.221500 0.447400 0.250000
O shel 0.221500 0.447400 0.250000
O core 0.277700 0.162800 0.033100
O shel 0.277700 0.162800 0.033100
space
P b n m
species
Mg core 2.00000
Si core 4.00000
O core 0.86902
O shel -2.86902
buckingham
Mg core O shel 946.627 0.31813 0.00000 0.0 10.0 1 0 0
Si core O shel 1283.907 0.32052 10.66158 0.0 10.0 1 0 0
O shel O shel 22764.000 0.14900 27.87900 0.0 12.0 0 0 0
spring
O 74.92 0
three
Si core O shel O shel 2.09724 109.47 1.9 1.9 3.5 0 0
pressure 0 GPa
output cif forsterite-fit
出力ファイルや構造をチェックして、おかしい場合は入力パ...
この例では構造は1つしかありませんが、複数の構造を入れ...
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