GSAS-IIの使用方法 をテンプレートにして作成

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*GSAS-IIの使用方法（2021/01/14作成; 2021/09/15最終更新） #contents ---- **GSAS-IIについて 　GSAS-IIは元々Rietveld法のプログラムであるが、現在はchar... 　現行のGSAS-IIはPythonで主に書かれていて、ライブラリ等を... **GSAS-IIの勉強方法 　なぜかちゃんとしたマニュアルがない。そういえばFullprof... **粉末X線回折データのRietveld構造精密化 #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-script-... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-AppleEv... +起動：GSAS-II.appをダブルクリック。Macの場合、「Terminal... +(2021/09/14追記)最近使ったら、上記のダイアログが出なくな... +データ読み込み：mainウィンドウからImportメニューのPowder... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-Limits.... 　以下このリストの適当なところをクリックするとmainウィン... +パラメータ変更：まずはmainウィンドウ（今はGSAS-II projec... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-InstPar... デフォルトは0.5になっている。我々のところの回折装置(Smart... +相(phase)の読み込み：DataメニューからAdd new phaseでphas... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-newphas... 確認ダイアログが出てくるので、Yesボタンをクリック。名前を... +複数相ある時：その場合は個々のPhaseのDataタブのところで... +精密化 part１：とりあえずこれでCalculateメニューからRefi... +精密化 part２：格子定数はデフォルトではfixなので、refine... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-SampleP... またSample ParametersでSample displacementもrefineするよ... +精密化 part３：順調にRwpが落ちていればいいが、落ちない場... +精密化 part４：主相の構造パラメータをrefineする。リスト... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-structu... そうするとF (site fraction), X (coordinate), U (thermal p... +精密化 part５：Instrument parameterを標準物質できちんと... +Rwが下がらない時は、一度終わってゼロから始めた方がいい場... **トラブル +Macで使っていると、時々plotウィンドウの粉末回折パターン... +(2021/09/15)最近は上記はなくなったが、構造のパタメータの... **未知相の粉末回折X線データの解析 part１（個別ピークフィ... 　EXPOに比べると結構面倒なので、結晶構造を求めるならEXPO... +起動：GSAS-II.appをダブルクリック。「TerminalにApple Eve... +データ読み込み：mainウィンドウからImportメニュー、Powder... +パラメータ変更：まずはmainウィンドウ（今はGSAS-II projec... +ピーク検出：範囲を設定したら、projectウィンドウのPeak Li... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-found-p... 　ルーペアイコンをクリックして、パターンを拡大する。ルー... #image(https://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/images/... 　ピーク位置はrefineされていないので、Peak Listのところで... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-peaklis... +指数付け：Peak Listの下のIndex Peak Listをクリックする。... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-Indexin... 　ここは格子によっては時間がかかるが、結果が出るまで待つ... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-Indexin... 　また、plotウィンドウのPosition calibrationのところにも... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-cell-re... +空間群決定：これは多分何か自動でできる方法が用意されてい... +相の登録：Unit Cells Listのところで、Cell/Index Refineメ... +Pawleyの準備：次にPawley法を使ってピーク強度を求める。リ... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-Pawley-... ただ何もしなくてもdminのデフォルト値(1)に応じてLimitsの高... +Pawley法の実行：CalculateメニューからRefineを選ぶ。 #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-Pawley-... なお、これはRietveldでも使うので、もしPawley refinement?... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-Pawley-... ~ ~ ~ ~ ~ **未知相の粉末回折X線データの解析 part２（charge flipping... +charge flippingの実行：charge flippingはPawley法で得られ... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-General... まずGeneralタブをクリック。Charge flipping controlsのとこ... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-chargef... 10%くらいに設定して、検出された電子密度ピーク数に応じて、... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-chargef... ここに示した図はforsterite(Mg2SiO4)の例で、結合が自動で検... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-chargef... +原子位置を決める：（この辺りは結晶構造にある程度詳しくな... +Rietveldへ：Atomsタブに原子が全て入れば、構造精密化へ移... +構造を求めるために、Simulated annealingも使えるようだが... **GSAS-IIからDysnomiaを使う #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-General... +これを書くためにFourier map controlsのところを見ていたら... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-Dysnomi... 再度Run Dysnomiaを実行すると、今回は最初にDysnomia論文引... +PawleyをやらなくてもRietveld計算の後でDysnomiaを使うこと...

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*GSAS-IIの使用方法（2021/01/14作成; 2021/09/15最終更新） #contents ---- **GSAS-IIについて 　GSAS-IIは元々Rietveld法のプログラムであるが、現在はchar... 　現行のGSAS-IIはPythonで主に書かれていて、ライブラリ等を... **GSAS-IIの勉強方法 　なぜかちゃんとしたマニュアルがない。そういえばFullprof... **粉末X線回折データのRietveld構造精密化 #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-script-... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-AppleEv... +起動：GSAS-II.appをダブルクリック。Macの場合、「Terminal... +(2021/09/14追記)最近使ったら、上記のダイアログが出なくな... +データ読み込み：mainウィンドウからImportメニューのPowder... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-Limits.... 　以下このリストの適当なところをクリックするとmainウィン... +パラメータ変更：まずはmainウィンドウ（今はGSAS-II projec... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-InstPar... デフォルトは0.5になっている。我々のところの回折装置(Smart... +相(phase)の読み込み：DataメニューからAdd new phaseでphas... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-newphas... 確認ダイアログが出てくるので、Yesボタンをクリック。名前を... +複数相ある時：その場合は個々のPhaseのDataタブのところで... +精密化 part１：とりあえずこれでCalculateメニューからRefi... +精密化 part２：格子定数はデフォルトではfixなので、refine... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-SampleP... またSample ParametersでSample displacementもrefineするよ... +精密化 part３：順調にRwpが落ちていればいいが、落ちない場... +精密化 part４：主相の構造パラメータをrefineする。リスト... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-structu... そうするとF (site fraction), X (coordinate), U (thermal p... +精密化 part５：Instrument parameterを標準物質できちんと... +Rwが下がらない時は、一度終わってゼロから始めた方がいい場... **トラブル +Macで使っていると、時々plotウィンドウの粉末回折パターン... +(2021/09/15)最近は上記はなくなったが、構造のパタメータの... **未知相の粉末回折X線データの解析 part１（個別ピークフィ... 　EXPOに比べると結構面倒なので、結晶構造を求めるならEXPO... +起動：GSAS-II.appをダブルクリック。「TerminalにApple Eve... +データ読み込み：mainウィンドウからImportメニュー、Powder... +パラメータ変更：まずはmainウィンドウ（今はGSAS-II projec... +ピーク検出：範囲を設定したら、projectウィンドウのPeak Li... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-found-p... 　ルーペアイコンをクリックして、パターンを拡大する。ルー... #image(https://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/images/... 　ピーク位置はrefineされていないので、Peak Listのところで... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-peaklis... +指数付け：Peak Listの下のIndex Peak Listをクリックする。... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-Indexin... 　ここは格子によっては時間がかかるが、結果が出るまで待つ... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-Indexin... 　また、plotウィンドウのPosition calibrationのところにも... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-cell-re... +空間群決定：これは多分何か自動でできる方法が用意されてい... +相の登録：Unit Cells Listのところで、Cell/Index Refineメ... +Pawleyの準備：次にPawley法を使ってピーク強度を求める。リ... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-Pawley-... ただ何もしなくてもdminのデフォルト値(1)に応じてLimitsの高... +Pawley法の実行：CalculateメニューからRefineを選ぶ。 #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-Pawley-... なお、これはRietveldでも使うので、もしPawley refinement?... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-Pawley-... ~ ~ ~ ~ ~ **未知相の粉末回折X線データの解析 part２（charge flipping... +charge flippingの実行：charge flippingはPawley法で得られ... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-General... まずGeneralタブをクリック。Charge flipping controlsのとこ... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-chargef... 10%くらいに設定して、検出された電子密度ピーク数に応じて、... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-chargef... ここに示した図はforsterite(Mg2SiO4)の例で、結合が自動で検... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-chargef... +原子位置を決める：（この辺りは結晶構造にある程度詳しくな... +Rietveldへ：Atomsタブに原子が全て入れば、構造精密化へ移... +構造を求めるために、Simulated annealingも使えるようだが... **GSAS-IIからDysnomiaを使う #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-General... +これを書くためにFourier map controlsのところを見ていたら... #image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/GSAS2-Dysnomi... 再度Run Dysnomiaを実行すると、今回は最初にDysnomia論文引... +PawleyをやらなくてもRietveld計算の後でDysnomiaを使うこと...

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