Molecules用結晶構造データ の変更点


#author("2024-03-09T08:44:01+09:00","default:masami","masami")
#author("2024-03-09T08:45:11+09:00","default:masami","masami")
*iPhone/iPad/iPod touch用のアプリケーションで分子を表示する [#wa0d7c2d]
 結晶構造の表示はこちら([[iPadで結晶構造表示]])もご覧下さい。
 [[Molecules:http://www.sunsetlakesoftware.com/molecules]]というiPhone/iPad用アプリがあります(どうも最近アクセスしたら、存在しないようでした)。App Storeから無料でダウンロードできます。これは分子用に作られてますが、結晶でどの程度使えるかをテストするための結晶データを作ってみました。pdbフォーマットにしか対応してないので、pdbに変換するためにVestaを使用しました。Vestaで適当に表示されている状態でpdbフォーマットでExportする。wiki上ではうまくリンクが出来ないので、別途リンク用ページを作った。iPhone/iPodのSafariから[[このリンク:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/molecules.html]]先htmlの中の各データをクリックすると、自動的にMoleculesを起動してデータを読んでくれる。もちろんMacのSafariでリンクをクリックしてもダメ。
 残念ながらMoleculesはball-and-stickとcylinder表示くらいしかできないので、多面体表示に慣れている私には多少見づらいが、iPhone/iPod touch上でグルグル回転させて遊ぶと楽しい。下の写真は第1世代touchで石英の高圧相であるstishovite(ルチル構造)を表示しているところ。緑がシリコン、赤が酸素原子。原子は拡大して見ると球ではなく、多面体で近似している。
#image(https://mkanzaki.sakura.ne.jp/images/molecules-ipod.png,center,60%)
 以下は各データのurlであるが,Moleculesからこれらを入力するのは面倒なので、上記のように[[ここ:https://mkanzaki.sakura.ne.jp/molecules.html]]からiOSデバイスのSafari経由でデータを読み込むほうが簡単。molecules://とするのはMoleculesを起動するためのおまじないのようです。
--[[Ca2IrO4:https//mkanzaki.sakura.ne.jp/data/Ca2IrO4.pdb]]
--molecules://mkanzaki.sakura.ne.jp/data/Ca2IrO4.pdb
--molecules://mkanzaki.sakura.ne.jp/data/Ca2SiO4-beta.pdb
--molecules://mkanzaki.sakura.ne.jp/data/CaTiO3-perovskite.pdb
--molecules://mkanzaki.sakura.ne.jp/data/Fe2O3.pdb
--molecules://mkanzaki.sakura.ne.jp/data/Mg(OH)2.pdb
--molecules://mkanzaki.sakura.ne.jp/data/MgSiO3-opx.pdb
--molecules://mkanzaki.sakura.ne.jp/data/Si3N4-alpha.pdb
--molecules://mkanzaki.sakura.ne.jp/data/Si3N4-beta.pdb
--molecules://mkanzaki.sakura.ne.jp/data/Si3N4-gamma.pdb
--molecules://mkanzaki.sakura.ne.jp/data/SiO2-coesite.pdb
--molecules://mkanzaki.sakura.ne.jp/data/SiO2-low-cristobalite.pdb
--molecules://mkanzaki.sakura.ne.jp/data/SiO2-quartz.pdb
--molecules://mkanzaki.sakura.ne.jp/data/SiO2-stishovite.pdb