Molecules用結晶構造データ の履歴(No.1)

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  • 1 (2024-03-09 (土) 07:57:27)

iPhone/iPad/iPod touch用のアプリケーションで分子を表示する†

• 結晶構造の表示はこちら（iPadで結晶構造表示）もご覧下さい。
• MoleculesというiPhone/iPad用アプリがあります（どうも最近アクセスしたら、存在しないようでした）．App Storeから無料でダウンロードできます．これは分子用に作られてますが，結晶でどの程度使えるかをテストするための結晶データを作ってみました．pdbフォーマットにしか対応してないので，pdbに変換するためにVestaを使用しました．Vestaで適当に表示されている状態でpdbフォーマットでExportする．wiki上ではうまくリンクが出来ないので，別途リンク用ページを作った．iPhone/iPodのSafariからこのリンク先htmlの中の各データをクリックすると，自動的にMoleculesを起動してデータを読んでくれる．もちろんMacのSafariでリンクをクリックしてもダメ．
• 残念ながらMoleculesはball-and-stickとcylinder表示くらいしかできないので，多面体表示に慣れている私には多少見づらいが，iPhone/iPod touch上でグルグル回転させて遊ぶと楽しい．下の写真は第１世代touchで石英の高圧相であるstishovite(ルチル構造)を表示しているところ．緑がシリコン，赤が酸素原子．原子は拡大して見ると球ではなく，多面体で近似している．
  
• 以下は各データのurlであるが，Moleculesからこれらを入力するのは面倒なので，上記のようにここからiOSデバイスのSafari経由でデータを読み込むほうが簡単．molecules://とするのはMoleculesを起動するためのおまじないのようです．
  • molecules://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/mol/Ca2IrO4.pdb
  • molecules://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/mol/Ca2SiO4-beta.pdb
  • molecules://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/mol/CaTiO3-perovskite.pdb
  • molecules://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/mol/Fe2O3.pdb
  • molecules://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/mol/Mg(OH)2.pdb
  • molecules://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/mol/MgSiO3-opx.pdb
  • molecules://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/mol/Si3N4-alpha.pdb
  • molecules://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/mol/Si3N4-beta.pdb
  • molecules://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/mol/Si3N4-gamma.pdb
  • molecules://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/mol/SiO2-coesite.pdb
  • molecules://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/mol/SiO2-low-cristobalite.pdb
  • molecules://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/mol/SiO2-quartz.pdb
  • molecules://www.misasa.okayama-u.ac.jp/~masami/mol/SiO2-stishovite.pdb