未知結晶構造解析法の履歴(No.1)

以前依頼された解説／総説がその後白内障など色々あって中途半端なままになってしまって、出版する時機を失ってしまった。その後、研究も別のことで忙しいため、完成させるのは難しい。最近Sphinx(Pythonのドキュメント生成ツール）を少し勉強しているので、その実践として、解説の内容をSphinxでhtmlに出力して、web上で見られるようにしてみた。そういう事情で内容はいまいちですが、何かの参考になれば。
解説へのリンク
wikiはドキュメントのフォーマットがあまりできないので、今後はSphinxをCMS代わりに利用する予定…
先のバージョンはiPadで表示が乱れるので、レスポンシブなsphinx_rtd_themeにテーマを変えてみた。文献が少し読みづらくなっているが、iPhoneでも読めるようになった。
この研究は科研費申請課題とは結局無関係だったので、自作運営交付金シールを貼った。

ついでに上記解説で言及している3大ソフトのデモmovieも置いておきます。少し前のものなので、ソフトのインターフェース等変わっているところがあるかもしれません。それぞれ数十MBあります。デモ目的なので、必要な操作と関係なく、メニューの内容などをわざと見せているところなどがあります。扱っているのは全てZn2SiO4 IV相の放射光X線回折データです。
EXPOのデモmovie データの読み込みから初期構造の決定まで。
- そこで使っている回折データ測定波長は0.5 オングストローム。
- デモの結晶構造こちらはRietveld法までやって精密化した構造。CODに登録されているcifファイル。
Superflipのデモ FOXの出力ファイルから強度データを取り出し、Superflipを実行、VESTAで電子密度分布を見て、EDMAで原子位置を求めるまで。
- inflipファイル FOXで先のZn2SiO4-IV.xyファイルを処理すれば作れますが、inflipファイル自体も置いておきます。これがSuperflipの入力データ。
FOXデモmovie1 入力データを読んで、空間群を推定するまで。
- そこで使っている回折データで、測定波長は0.5 オングストローム。EXPOのところと全く同じもの。
FOXデモmovie2 原子位置を設定して、simulated annealingで配置を求めるまで。